Se dělí do dvou taxonů na úrovní oddělení – nahosemenné a krytosemenné rostliny. Tento projekt je věnován poznávání farmaceuticky významných zdrojů biologicky aktivních látek obsažených v krytosemenných rostlinách.
Krytosemenné rostliny (Angiospermophyta/Anthophyta/Magnoliophyta)
Krytosemenné rostliny (257000 druhů) jsou charakterizovány:
- Vajíčky uvnitř víceméně uzavřené dutiny vytvořené z jednoho nebo několika vzájemně srostlých plodolistů.
- Pylovými zrny, která nejsou přenesena přímo na mikropyle vajíčka, ale na povrch blizny, která je schopna nejen pyl přijmout, ale také asistovat při vývoji pylové láčky.
- Samčími (pylová zrna) i samičími (zárodečník) gametofyty, které jsou extremně zjednodušené a specializované.
- Trojitým splynutím jádra : jedna ze dvou samčích gamet splývá s vaječnou buňkou (n + n) a druhá se spojenými dvěma jádry centrální buňky samičího gametofytu [n + (n + n) = 3n]. Výsledkem je diploidní zygota (2n) a triploidní endosperm (3n). Jev se označuje jako dvojité oplození krytosemenných rostlin.).
- Pomocnými buňkami sítkovic.
Krytosemenné rostliny se dělí do dvou taxonů podle počtu děloh v embryu na dvouděložné (Dicotyledones) a jednoděložné (Monocotyledones) nebo také na ekvivalentní třídy Magnoliopsida a Liliopsida.
Morfologické a biochemické rozlišení obou tříd

Magnoliopsida (Dicotyledones) / dvouděložné rostliny
Embryo je tvořeno obvykle dvěma dělohami, které mají 3 cévní svazky. Listy jsou většinou řapíkaté s žilnatinou síťnatou, buď zpeřenou nebo dlanitou a většinou neuzavřenou. Listence a listeny jsou obvykle po dvou. Svazky cévní obvykle uspořádány do kruhu (eustélé). Kořenový systém bývá tvořen hlavním a vedlejšími kořeny. Rostliny jsou dřevnaté nebo bylinné, často sekundárně tloustnoucí. Květy většinou 5- nebo méně často 4-četné. Spíše rozlišené na kalich a korunu. Hmyzosnubné opylování je v převaze.
Sekundární metabolismus dvouděložných je charakterizován rozsáhlejší biogenezí alkaloidů různých typů (s převahou benzylisochinolinových), silic, tříslovin (gallotaniny, ellagotaniny i katechinové proanthocyanidiny) steroidních saponinů, iridoidních a sekoiridoidních glykosidů, glukosinolátů, polyynů, seskviterpenových laktonů, nerozpustných šťavelanů ve formě krystalů, písku a drúz.
Magnoliopsida zahrnují 11 podtříd, 125 řádů, 458 čeledí, téměř 10 500 rodů a více než 195 000 druhů (Takhtajan A.,2009).
Farmaceuticky významné podtřídy jsou: Magnoliidae, Ranunculidae, Hamamelididae, Caryophyllidae, Dilleniidae, Rosidae, Cornidae, Lamiidae, Asteridae.
Řády podtříd zahrnující čeledi farmaceuticky významných druhů:
- Magnoliidae: Magnoliales, Laurales, Annonales, Piperales, Illiciales
- Ranunculidae: Ranunculales, Berberidales, Peoniales, Papaverales
- Hamamelididae: Fagales, Betulales, Juglandales, Hamamelidales
- Caryophyllidae: Caryophyllales, Caryophyllales, Polygonales
- Dilleniidae:Theales, Droserales, Ericales, Cucurbitales, Violales, Caricales, Passiflorales, Primulales, Capparales, Salicales, Malvales, Urticales, Euphorbiales
- Rosidae: Myrtales, Rutales, Sapindales, Saxifragales, Rosales, Geraniales, Fabales, Rhamnales, Vitales, Santalales,
- Cornidae: Araliales, Dipsacales
- Lamiidae: Geraniales, Lamiales, Solanales, Scophulariales, Oleales
- Asteridae: Asterales
Liliopsida (Monocotyledones) / jednoděložné
Jednoděložné rostliny jsou charakteristické výrazným přizpůsobováním se životním podmínkám např. častým výskytem sukulentních typů, mykotrofii, větrosnubností apod. Jsou to většinou byliny, jen vzácně druhotné dřeviny; orgány jednoděložných druhotně netloustnou. Střední válec tvoří ataktostelé. Kořenovou soustavu je homorhizie se svazky cévními radiálními – polyarchními. Listy různého tvaru, často podlouhlé s podélnou, rovnoběžnou žilnatinou. Květy jsou trojčetné s obaly nerozlišenými na kalich a korunu, ale vytvářející okvětí (perigon). Někdy je perigon silně redukovaný, může i chybět.
Výskyt sekundárních metabolitů je u některých typů rozdílný: Ellagotaniny a ellagová kyselina v jednoděložných chybí. Jiné třísloviny se vyskytují sporadicky. Výskyt silic je významně omezen. Polyterpeny (kaučuk) prakticky chybí. Alkaloidy se vyskytují omezeně, a to jen v některých čeledích, saponiny jednoděložných jsou převážně steroidního typu, šťavelan vápenatý má především formu rafidů.
Liliopsida zahrnují 4 podtřídy, 31 řádů, 120 čeledí, více než 3000 rodů a okolo 65 000 druhů (Takhtajan A.,2009).
Farmaceuticky významné podtřídy jsou: Liliidae, Commelinidae, Arecidae, Aridae.
Řády podtříd zahrnující čeledi farmaceuticky významných druhů:
- Liliidae: Melanthiales, Colchicales, Liliales, Iridales, Orchidales, Amaryllidales, Asparagales, Smilacales, Dioscoreales
- Commelinidae: Bromeliales, Musales, Zingiberales, Cannales. Poales
- Arecidae: Arecales
- Aridae: Arales